يعمل فرع نزع السلاح الإقليمي بالشراكة والتعاون مع المنظمات الإقليمية ودون الإقليمية وسائر كيانات الأمم المتحدة ومنظمات المجتمع المدني، حتى يتاح لمكتب شؤون نزع السلاح أن يعمل بفعالية على المستويين الإقليمي والوطني.

ويعمل الفرع والمراكز الإقليمية في شراكة وثيقة مع المنظمات الإقليمية ودون الإقليمية في قضايا السياسات العامة، وكذلك في تنفيذ البرامج المشتركة. وتشمل قضايا السياسات العامة المساعدة في صياغة الصكوك دون الإقليمية الملزمة قانونا، أو وضع استراتيجيات قارية لتحديد الأسلحة. أما البرامج المشتركة فتشمل إجراء تقييمات قانونية وتدريب المسؤولين الحكوميين.

وتتعاون المراكز الإقليمية مع المنظمات الإقليمية ودون الإقليمية في المسائل ذات الصلة بنزع السلاح، فالمنظمات الإقليمية مثل الاتحاد الأفريقي ومنظمة الدول الأمريكية، والمنظمات دون الإقليمية مثل رابطة أمم جنوب شرق آسيا، وجماعة دول الأنديز، والجماعة الكاريبية، والجماعة الاقتصادية لدول وسط أفريقيا، والجماعة الاقتصادية لدول غرب أفريقيا، ومنتدى جزر المحيط الهادئ، ورابطة جنوب آسيا للتعاون الإقليمي، والمركز الإقليمي المعني بالأسلحة الصغيرة والأسلحة الخفيفة، والجماعة الإنمائية للجنوب الأفريقي ، وغيرها.

وقد حددت المراكز الإقليمية في أفريقيا وأمريكا اللاتينية ومنطقة البحر الكاريبي شراكات تعاونية خاصة وبرامج حصرية مع الاتحاد الأفريقي ومنظمة الدول الأمريكية. وبوجه خاص اعترفت منظمة الدول الأمريكية بمركز الأمم المتحدة الإقليمي للسلام ونزع السلاح والتنمية في أمريكا اللاتينية ومنطقة البحر الكاريبي بوصفه شريكها التقني المنفذ في المسائل ذات الصلة بمراقبة الأسلحة الصغيرة والأسلحة الخفيفة. وفي أفريقيا اتفق الاتحاد الأفريقي مع مركز الأمم المتحدة الإقليمي للسلام ونزع السلاح في أفريقيا على العمل في مسألة مراقبة الأسلحة الصغيرة، وكذلك على تنفيذ المنطقة الأفريقية الخالية من الأسلحة النووية.

وقد وقع مركز شؤون نزع السلاح مذكرات تفاهم تحدد مجالات التعاون والأنشطة المشتركة مع عدد من المنظمات والهيئات الإقليمية ودون الإقليمية، ومع منظمات المجتمع المدني، ومنها الجماعة الاقتصادية لدول غرب أفريقيا، والجماعة الاقتصادية لدول وسط أفريقيا، والمركز الإقليمي المعني بالأسلحة الصغيرة ، ومنظمة الدول الأمريكية، وشبكة العمل الدولي المعنية بالأسلحة الصغيرة.