El Mecanismo del Secretario General para llevar a cabo investigaciones inmediatas en respuesta a denuncias sometidas a su atención respecto del posible empleo de armas químicas y bacteriológicas (biológicas) y toxínicas se desarrolló a finales de la década de 1980. Una vez que se recibe una solicitud de cualquier Estado Miembro, el Secretario General está autorizado a iniciar una investigación, que incluye el envío de un equipo de investigación al lugar del presunto incidente, y a presentar un informe a todos los Estados Miembros de las Naciones Unidas. El propósito es constatar de una manera objetiva y científica los hechos relativos a presuntas violaciones del Protocolo de Ginebra de 1925, que prohíbe el uso de armas químicas y biológicas, u otras normas pertinentes del derecho internacional consuetudinario.

La lista de expertos y laboratorios proporcionada por los Estados Miembros y las Directrices y Procedimientos para el desarrollo de las investigaciones constituyen los elementos clave del Mecanismo. En 2006, los Estados Miembros alentaron al Secretario General a que actualizara la lista de expertos y laboratorios, así como las directrices y procedimientos técnicos, de las que él disponía para la investigación oportuna y eficiente del presunto empleo de estas armas.

La Oficina de Asuntos de Desarme viene trabajando con los Estados Miembros para actualizar la lista de expertos y laboratorios y los apéndices técnicos de las directrices y procedimientos a fin de que estos estén en plena consonancia con los rápidos e importantes avances que se han dado en materia biológica desde la década de 1980, y que además tengan en cuenta la entrada en vigor de la Convención sobre las Armas Químicas y la creación de la Organización para la Prohibición de las Armas Químicas (OPAQ)en 1997.

En 2007, la Oficina de Asuntos de Desarme organizó dos reuniones de un grupo de expertos con la participación de representantes de una serie de organizaciones internacionales pertinentes. El grupo trató la actualización de las Directrices y Procedimientos de 1989. Decidió mantener el documento principal de 1989 sin modificaciones y reconoció que un proceso de examen amplio supondría necesariamente la participación directa de los Estados Miembros. El grupo elaboró revisiones de los Apéndices relacionados con las Directrices y Procedimientos, en particular teniendo en cuenta los adelantos en la esfera biológica. Los Apéndices actualizados se centran en aspectos biológicos y técnicos pertinentes de la investigación sobre el empleo presunto de estas armas.

De conformidad con las Directrices y Procedimientos vigentes, cualquier Estado Miembro interesado puede indicar al Secretario General capacitación o cursos especializados pertinentes que se ofrezcan a expertos calificados en respaldo de las posibles funciones que desempeñen en su representación al llevar a cabo investigaciones sobre el posible empleo de agentes químicos, biológicos y toxínicos, con miras a facilitar su cumplimiento sobre una base común de entendimiento y desempeño. El primer curso de capacitación para expertos fue ofrecido por el Gobierno de Suecia e impartido en cooperación con la OADNU en Umea (Suecia) entre el 25 de mayo y el 5 de junio de 2009.

Con miras a favorecer la cooperación y mejorar las capacidades técnicas de investigación del presunto uso de estas armas, las Naciones Unidas y la Organización Mundial de la Salud (OMS) firmaron un Memorando de Entendimiento relativo al apoyo de la OMS al mecanismo del Secretario General para la investigación de tal presunto uso.